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Micron Document

<!DOCTYPE html>

<title>Protein Data Bank</title>

</head>

<h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading"><span class="mw-page-title-main">Protein Data Bank</span></h1>

</header>

</div>

<p> Die <b>Protein Data Bank</b> (<b>PDB</b>) ist eine <a href="Open_Access" title="Open Access">Open Access</a> <a href="Datenbank" title="Datenbank">Datenbank</a> für 3D-Strukturdaten von großen biologischen Molekülen. Über ein Internet-Informationsportal und ein herunterladbares Datenarchiv bietet die PDB Zugang zu 3D-Strukturdaten für <a href="Proteine" class="mw-redirect" title="Proteine">Proteine</a>, <a href="DNA" class="mw-redirect" title="DNA">DNA</a> und <a href="RNA" class="mw-redirect" title="RNA">RNA</a>. Sie ist heute eine weltweit führende Ressource für experimentelle Daten, die für wissenschaftliche Entdeckungen von zentraler Bedeutung sind. Die Kenntnis der 3D-Struktur eines biologischen Makromoleküls ist wesentlich für das Verständnis seiner Funktion. Die Strukturdaten wurden üblicherweise durch <a href="Kristallstrukturanalyse" title="Kristallstrukturanalyse">Kristallstrukturanalyse</a> oder <a href="NMR-Spektroskopie" class="mw-redirect" title="NMR-Spektroskopie">NMR-Spektroskopie</a> gewonnen.

</p><p>Das Archiv der Proteindatenbank (PDB) enthält derzeit über 158.000 Einträge<sup id="cite_ref-1" class="reference"><a href="#cite_note-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> (Stand 2019) als 3D-Strukturen von Biomolekülen auf atomarer Ebene.

</p><p>Die PDB wurde 1971 als erste frei zugängliche, digitale Datenquelle in der Biologie eingerichtet und die Rechenzentren werden seit 1999 von der „Research Collaboratory for Structural Bioinformatics“ (RCSB PDB) betrieben. Sie stellt PDB-Daten allen Datenkonsumenten kostenlos und ohne Nutzungseinschränkungen (Policies) zur Verfügung.

</p><p>Die RCSB-PDB wird an den Standorten <a href="Rutgers" class="mw-disambig" title="Rutgers">Rutgers</a>, der State University of New Jersey, und dem <a href="University_of_California%2C_San_Diego" title="University of California, San Diego">University of California, San Diego</a>/San Diego Supercomputer Center betrieben. Durch eine einzigartige Vereinbarung werden PDB-Daten auch von anderen Partnern der Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) (einschließlich der Protein Data Bank Europe (PDBe)), Protein Data Bank Japan und der Biological Magnetic Resonance Bank zur Verfügung gestellt. Das RCSB-PDB-Team (das an der Rutgers University und der University of California, San Diego tätig ist) ist jedoch der wwPDB-Archivbetreuer und ist auch für die Datenintegrität und die Notfallwiederherstellung verantwortlich. Die Betriebskosten des RCSB-PDB, einschließlich der Kosten für die Datenerstellung und ‑speicherung sowie andere Ausgaben belaufen sich auf insgesamt 6,9 Millionen US-Dollar pro Jahr.<sup id="cite_ref-2" class="reference"><a href="#cite_note-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

</p>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Geschichte">Geschichte</h2></div>

<p>Die PDB setzte sich ursprünglich aus Proteinstrukturen aus der Röntgen-Kristallstrukturanalyse und dem 1968 gegründeten <i>Brookhaven RAster Display</i> (BRAD) zusammen. Das BRAD-System konnte digitalisierte Hough-Powell-<a href="Blasenkammer" title="Blasenkammer">Blasenkammer</a>-Fotografien auf dem Bildschirm eines Schwarz-Weiß-<a href="Fernsehger%C3%A4t" title="Fernsehgerät">Fernsehgeräts</a> abbilden. Die Entwickler erkannten das Potenzial des BRAD-Systems für 3D-Grafiken und Walter C. Hamilton, leitender Chemiker am <a href="Brookhaven_National_Laboratory" title="Brookhaven National Laboratory">Brookhaven National Laboratory</a>, nutzte das Potenzial des BRAD-Displays für die 3D-Molekulargrafik. Zusammen mit Edgar Meyer (<a href="Texas_A%26M_University" title="Texas A&M University">Texas A&M University</a>) wurde das Programm <i>DISPLAY</i>, eine Software zur Speicherung von Atomkoordinaten in einem gemeinsamen Format eingeführt. Das Programm DISPLAY konnte 3D-Modelle mit bis zu 512 Atomen zeichnen.

</p><p>Bis 1970 wurden in <a href="Brookhaven_(New_York)" title="Brookhaven (New York)">Brookhaven</a> die verfügbaren Atomkoordinaten von Proteinen gesammelt und mit dem Programm PROIN in einem einheitlichen Format gespeichert. Wegen des beschränkten Zugangs zu grafischen Darstellungen wurden sie kaum allgemein verwendet; man konnte nur endlose Listen von Atomkoordinaten bewundern oder Messingstangen so biegen, dass sie wie versteinerte Regenwürmer aussahen. Daher wurde 1971 von Meyer das Programm SEARCH<sup id="cite_ref-meyer_3-0" class="reference"><a href="#cite_note-meyer-3"><span class="cite-bracket">[</span>3<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> in <a href="Fortran" title="Fortran">FORTRAN</a> geschrieben, um auf die PDB zuzugreifen und Koordinaten für die Offline-Anzeige bereitzustellen. Es konnte ein bestimmtes Protein aus der PDB auswählen und Atomkoordinaten auf der Grundlage von Atomtyp, Resttyp oder Sequenzbereich extrahieren<sup id="cite_ref-meyer_3-1" class="reference"><a href="#cite_note-meyer-3"><span class="cite-bracket">[</span>3<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>. Nach Hamiltons Tod 1973 übernahm Tom Koetzle die Leitung für die folgenden 20 Jahre. Im Jahr 1994 ging die Führung an Joel Sussman über.

</p><p>Von Oktober 1998 bis Juni 1999 wurde die PDB in das <i>Research Collaboratory for Structural Bioinformatics</i> (RCSB) übertragen.<sup id="cite_ref-4" class="reference"><a href="#cite_note-4"><span class="cite-bracket">[</span>4<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-5" class="reference"><a href="#cite_note-5"><span class="cite-bracket">[</span>5<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Dort wurde <a href="Helen_M._Berman" title="Helen M. Berman">Helen M. Berman</a> von der <a href="Rutgers_University" title="Rutgers University">Rutgers University</a> neue Direktorin.<sup id="cite_ref-6" class="reference"><a href="#cite_note-6"><span class="cite-bracket">[</span>6<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Im Jahr 2003 wurde die PDB mit der Gründung von <i>Worldwide Protein Data Bank</i> (wwPDB) international. Gründungsmitglieder sind PDBe (Europe),<sup id="cite_ref-7" class="reference"><a href="#cite_note-7"><span class="cite-bracket">[</span>7<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> RCSB (USA) und PDBj (Japan).<sup id="cite_ref-8" class="reference"><a href="#cite_note-8"><span class="cite-bracket">[</span>8<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> 2006 schloss sich die <i>Biological Magnetic Resonance Bank</i> (BMRB) an.<sup id="cite_ref-9" class="reference"><a href="#cite_note-9"><span class="cite-bracket">[</span>9<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Jeder Eintrag wird durch die Mitarbeiter bearbeitet.<sup id="cite_ref-10" class="reference"><a href="#cite_note-10"><span class="cite-bracket">[</span>10<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-11" class="reference"><a href="#cite_note-11"><span class="cite-bracket">[</span>11<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

</p>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Siehe_auch">Siehe auch</h2></div>

<ul><li><a href="Crystallography_Open_Database" title="Crystallography Open Database">Crystallography Open Database</a></li></ul>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Literatur">Literatur</h2></div>

<ul><li>H.M. Berman et al.: <i>The Protein Data Bank.</i> In: <i><a href="Nucleic_Acids_Research" title="Nucleic Acids Research">Nucleic Acids Research</a>.</i> Bd. 28, 2000, S. 235–242.</li>

<li>H. Berman et al.: <i>The worldwide Protein Data Bank (wwPDB): ensuring a single, uniform archive of PDB data.</i> In: <i>Nucleic Acids Res.</i> Bd. 35, 2007, S. D301–D303. <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17142228?dopt=Abstract">PMID 17142228</a>, <a href="https://doi.org/10.1093/nar/gkl971" class="extiw external" title="doi:10.1093/nar/gkl971">doi:10.1093/nar/gkl971</a></li>

<li>S. Dutta, H.M. Berman: <a rel="nofollow" class="external text" href="http://biomaps.rutgers.edu/Dutta_Berman.pdf"><i>Large macromolecular complexes in the Protein Data Bank: a status report.</i></a> (PDF) In: <i>Structure.</i> Bd. 13, 2005, S. 381–388. <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15766539?dopt=Abstract">PMID 15766539</a>, <a href="https://doi.org/10.1016/j.str.2005.01.008" class="extiw external" title="doi:10.1016/j.str.2005.01.008">doi:10.1016/j.str.2005.01.008</a>.</li>

<li>W. F. Bluhm, B. Beran, C. Bi, D. Dimitropoulos, A. Prlic, G. B. Quinn, P. W. Rose, C. Shah, J. Young, B. Yukich, H. M. Berman, P. E. Bourne: <i>Quality assurance for the query and distribution systems of the RCSB Protein Data Bank.</i> In: <i>Database: the journal of biological databases and curation.</i> Band 2011, 2011, S. bar003, <a href="https://doi.org/10.1093/database/bar003" class="extiw external" title="doi:10.1093/database/bar003">doi:10.1093/database/bar003</a>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21382834?dopt=Abstract">PMID 21382834</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3056270/">PMC 3056270</a> (freier Volltext).</li></ul>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Weblinks">Weblinks</h2></div>

<ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ebi.ac.uk/pdbe/">PDB Europa</a></li>

<li><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.wwpdb.org/">Worldwide Protein Data Bank</a></li></ul>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Einzelnachweise">Einzelnachweise</h2></div>

<li id="cite_note-1"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-1">↑</a></span> <span class="reference-text"><span class="cite"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.rcsb.org/stats/growth/growth-released-structures"><i>PDB Statistics: Overall Growth of Released Structures Per Year.</i></a><span class="Abrufdatum"> Abgerufen am 19. August 2020</span>.</span><span style="display: none;" class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&rfr_id=info%3Asid%2Fde.wikipedia.org%3AProtein+Data+Bank&rft.title=PDB+Statistics%3A+Overall+Growth+of+Released+Structures+Per+Year&rft.description=PDB+Statistics%3A+Overall+Growth+of+Released+Structures+Per+Year&rft.identifier=https%3A%2F%2Fwww.rcsb.org%2Fstats%2Fgrowth%2Fgrowth-released-structures"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-2"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-2">↑</a></span> <span class="reference-text"><span class="cite">Kevin P. Sullivan, Peggy Brennan-Tonetta, Lucas J. Marxen: <a rel="nofollow" class="external text" href="https://cdn.rcsb.org/rcsb-pdb/general_information/about_pdb/Economic%20Impacts%20of%20the%20PDB.pdf"><i>Economic Impacts of the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Protein Data Bank.</i></a> Rutgers New Jersey Agricultural Experiment Station, 2017,<span class="Abrufdatum"> abgerufen am 19. August 2020</span>.</span><span style="display: none;" class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&rfr_id=info%3Asid%2Fde.wikipedia.org%3AProtein+Data+Bank&rft.title=Economic+Impacts+of+the+Research+Collaboratory+for+Structural+Bioinformatics+%28RCSB%29+Protein+Data+Bank&rft.description=Economic+Impacts+of+the+Research+Collaboratory+for+Structural+Bioinformatics+%28RCSB%29+Protein+Data+Bank&rft.identifier=https%3A%2F%2Fcdn.rcsb.org%2Frcsb-pdb%2Fgeneral_information%2Fabout_pdb%2FEconomic%2520Impacts%2520of%2520the%2520PDB.pdf&rft.creator=Kevin+P.+Sullivan%2C+Peggy+Brennan-Tonetta%2C+Lucas+J.+Marxen&rft.publisher=Rutgers+New+Jersey+Agricultural+Experiment+Station&rft.date=2017"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-meyer-3"><span class="mw-cite-backlink">↑ <sup><a href="#cite_ref-meyer_3-0">a</a></sup> <sup><a href="#cite_ref-meyer_3-1">b</a></sup></span> <span class="reference-text">EF Meyer: <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">The first years of the Protein Data Bank</cite>. In: <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">Protein Science</cite>. 6. Jahrgang, <span style="white-space:nowrap">Nr.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>7</span>. Cambridge University Press, 1997, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>1591–1597</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1002/pro.5560060724">10.1002/pro.5560060724</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9232661?dopt=Abstract">PMID 9232661</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2143743/">PMC 2143743</a> (freier Volltext) – (englisch).<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:Protein+Data+Bank&rft.atitle=The+first+years+of+the+Protein+Data+Bank&rft.au=EF+Meyer&rft.date=1997&rft.doi=10.1002%2Fpro.5560060724&rft.genre=journal&rft.issue=7&rft.jtitle=Protein+Science&rft.pages=1591-1597&rft.pmc=2143743&rft.pmid=9232661&rft.pub=Cambridge+University+Press&rft.volume=6.+Jahrgang" style="display:none"> </span></span>

</li>

/* start https://de.wikipedia.org/ */

.mw-parser-output .webarchiv-memento a{color:inherit}

/* end https://de.wikipedia.org/ */

</style><a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20070205000027/http://home.rcsb.org/">RCSB / Research Collaboratory for Structural Bioinformatics</a> (<span class="webarchiv-memento"><a href="Webarchivierung#Begrifflichkeiten" title="Webarchivierung">Memento</a></span> vom 5. Februar 2007 im <i><a href="Internet_Archive" title="Internet Archive">Internet Archive</a></i>)</span>

</li>

<li id="cite_note-5"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-5">↑</a></span> <span class="reference-text">HM Berman, J Westbrook, Z Feng, G Gilliland, TN Bhat, H Weissig, IN Shindyalov, PE Bourne: <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">The Protein Data Bank</cite>. In: <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">Nucleic Acids Res.</cite> 28. Jahrgang, <span style="white-space:nowrap">Nr.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>1</span>, Januar 2000, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>235–242</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1093/nar%2F28.1.235">10.1093/nar/28.1.235</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10592235?dopt=Abstract">PMID 10592235</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC102472/">PMC 102472</a> (freier Volltext) – (englisch, <a rel="nofollow" class="external text" href="http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/28/1/235">oxfordjournals.org</a>).<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:Protein+Data+Bank&rft.atitle=The+Protein+Data+Bank&rft.au=HM+Berman%2C+J+Westbrook%2C+Z+Feng%2C+...&rft.date=2000-01&rft.doi=10.1093%2Fnar%2F28.1.235&rft.genre=journal&rft.issue=1&rft.jtitle=Nucleic+Acids+Res.&rft.pages=235-242&rft.pmc=102472&rft.pmid=10592235&rft.volume=28.+Jahrgang" style="display:none"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-6"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-6">↑</a></span> <span class="reference-text"><span class="cite"><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/news_publications/newsletters/newsletter.html"><i>RCSB PDB Newsletter Archive.</i></a> RCSB Protein Data Bank<span style="display:none">;</span><span class="Abrufdatum" style="display:none"> abgerufen im 1. Januar 1</span> (englisch).</span><span style="display: none;" class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&rfr_id=info%3Asid%2Fde.wikipedia.org%3AProtein+Data+Bank&rft.title=RCSB+PDB+Newsletter+Archive&rft.description=RCSB+PDB+Newsletter+Archive&rft.identifier=&rft.publisher=RCSB+Protein+Data+Bank&rft.date=&rft.language=en"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-7"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-7">↑</a></span> <span class="reference-text"><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.pdbe.org/">PDBe Protein Data Bank in Europe</a></span>

</li>

<li id="cite_note-8"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-8">↑</a></span> <span class="reference-text"><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.pdbj.org/">Welcome to PDBj</a></span>

</li>

<li id="cite_note-9"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-9">↑</a></span> <span class="reference-text"><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.bmrb.wisc.edu/">BMRB / Biological Magnetic Resonance Bank</a></span>

</li>

<li id="cite_note-10"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-10">↑</a></span> <span class="reference-text"><span class="book">E Curry, A Freitas, S O'Riáin: <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">Linking Enterprise Data</cite>. Hrsg.: D. Wood. Springer US, Boston MA 2010, ISBN 978-1-4419-7664-2, The Role of Community-Driven Data Curation for Enterprises, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>25–47</span> (englisch, <a rel="nofollow" class="external text" href="http://books.google.com/?id=DsMrnk9-4NsC&lpg=PA25&pg=PA25#v=onepage&q&f=false">google.com</a>).<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abookitem&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:Protein+Data+Bank&rft.atitle=The+Role+of+Community-Driven+Data+Curation+for+Enterprises&rft.au=E+Curry%2C+A+Freitas%2C+S+O%27Ri%C3%A1in&rft.btitle=Linking+Enterprise+Data&rft.date=2010&rft.genre=bookitem&rft.isbn=9781441976642&rft.pages=25-47&rft.place=Boston+MA&rft.pub=Springer+US" style="display:none"> </span></span></span>

</li>

<li id="cite_note-11"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-11">↑</a></span> <span class="reference-text"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20160303183744/http://sw-tools.pdb.org/apps/VAL/index.html">PDB Validation Suite</a> (<span class="webarchiv-memento"><a href="Webarchivierung#Begrifflichkeiten" title="Webarchivierung">Memento</a></span> vom 3. März 2016 im <i><a href="Internet_Archive" title="Internet Archive">Internet Archive</a></i>)</span>

</li>

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